Le Conseil Scientifique et d'Orientation est un organe qui accompagne la gouvernance exécutive d'Aquitaine Cap Métiers. En 2011, il comprend 3 commissions actives. Cet espace permet la collaboration et l'information des adhérents qui s'associent aux travaux de la commission 1 "Observation et mutualisation des pratiques de l'orientation" présidée par Luc Paboeuf - Président du Conseil économique, social et environnemental - Aquitaine.